2006年(平成18年)６月に行われた建築基準法の改正〔施行は2007年(平成19年)６月〕では、それまで国土交通大臣にしか認められていなかった指定確認検査機関に対する立ち入り検査が、特定行政庁（建築主事を置いている自治体の長のこと）にも認められることになった。各特例行政庁は、所轄する区域で業務を行う指定確認検査機関に対して立ち入り検査を行い、確認審査等に関する指針に従って審査を行っているかどうかをチェックすることが可能になった。ちなみに特定行政庁には、原則的に人口25万以上の市の市長がなり、建築基準法に基づいて建築確認や違法建築への是正勧告等を行うものだが、現実的には人口10万人以上の市の市長が特定行政庁となり、それ以下の市町村では県知事が特定行政庁になるケースがほとんどである。