外部の指定機関から送られてきた構造計算適合性判定の通知書を受け取った後、指定確認検査機関では、構造計算適合性の判定が適正に行われたものがなるかどうかを確認し、その後、最終的な審査を行うことになる。2006年(平成18年)６月に行われた建築基準法の改正〔施行は2007年(平成19年)６月〕では、建築主事による確認済証の交付期限が最大70日に延長されたが、指定確認検査機関の交付期限に関する延長等の規定は設けられていない。それは、指定確認検査機関は申請者（設計者）との契約で業務を行うため、判定期間もその契約で決められると考えられているからだ。