天然素材から作られた防蟻剤のこと。例えば、沖縄のショウガ科の月桃から作られた薬剤には、シロアリを寄せつけない忌避性が強い。また木酢液（炭を作る際に出る煙を冷却したもの）やヒバ油（青森ヒバを水蒸気蒸留して作った精油）などもあげられる。もっとも、人体への安全性が高いといわれる自然系防蟻剤でも、原料によってはアレルギー症状が出るケースもある。そのため、特にリフォーム工事で使用する場合は、サンプルで事前にアレルギー反応がでないかどうかを確認しておくといいだろう。一方、新築工事の場合は、竣工・引き渡しから入居までの期間に余裕があるケースが多いので、それほど心配する必要はない。