特定行政庁(原則として人口25万人以上の市の長)が行う「認定」には、(1)公の機関が資格や事実の有無、物事の程度などを確認すること、(2)許可に近い性質の行為、という２つの意味がある。例えば、国土交通大臣が行う「形式適合認定」などは(1)の認定の１種である。また、原則的に建設が禁止されている地域で、「安全上・防火上・衛生上支障がない」という理由で建設を認めるなどが、(2)の認定となる。特に(2)の認定では、建築審査会等の第三者機関の同意を求める必要がないのが、「許可」との大きな違いである。