2007年(平成19年)６月20日以降に建築確認申請を受け付けた物件で、構造計算適合性判定を受けなければならない場合には、従来の建築確認申請手数料とは別に、新たに「構造計算適合性判定加算額」が加算されることになった。詳細な手数料については、各都道府県や区市町村の建築課等に確認する必要があるが、例えば東京都の場合、延べ面積200m2超500m2以下のケースでは、建築確認申請手数料が1万9000円、構造計算適合性判定加算額が大臣認定プログラムを用いたケースで11万1000円(大臣認定プログラム以外の方法では15万9000円)となり、合計で13万円(または17万8000円)になる。また、以下のような注意点や問題点が指摘されている。(（1)従来は、確認申請時に手数料を支払えば、その後、訂正・再提出しても手数料の追加徴収はなかった。しかし今後は、構造計算適合性判定の審査(有料の外部委託)を受けて不適合となった場合には、再申請時に構造計算適合性加算額を再度、支払うことになる。その際、手数料(加算額)を申請者(設計者)か建築依頼主のどちらが負担するかが、今後、問題になるだろう。(2)増改築工事等で既設部分も含めて構造計算適合性判定を受ける場合には、増築部分と当該既設部分の床面積の合計によって、構造計算適合性判定加算額が計算されることになる。(3)異構造の建築物を連結するエキスパッションジョイント等を使用した建築物で、各部分の構造計算について適合性判定を受ける場合には、各部分ごとに構造計算適合性判定加算額を算定し、その合計額を支払うことになる。