2006年(平成19年)６月に改正され、2007年(平成19年)６月20日に施行された改正建築基準法によって、建築確認の審査体制が変更された。具体的には、構造計算適合性判定機関の創設で、建築確認審査が２つのルートで行われるようになった。(1)構造計算が不要な小規模な建築物等／特定建築物以外の建築物で、木造２階建て住宅等の小規模な建築物や、木造３階建て住宅等の中規模な建築物で新大臣認定プログラムを用いた場合等を除いたものが対象。建築主事や指定確認検査機関に対して建築確認申請を行うと、添付した構造設計図書に基づいて、構造計算規定及び仕様規定に関する審査を受けるという１段階のルート。(2)大規模な建築物及び中規模な建築物等／高さ60m以下の大規模な建築物や、木造３階建て住宅等の中規模な建築物（新大臣認定プログラムを用いた場合等を除く）が対象。建築主事や指定確認検査機関に建築確認申請を行うと、まず知事または知事が指定する指定構造計算適合性判定機関による構造設計図書の適合性の判定を受け、その後、建築主事等による建築確認審査を受けるという２段階のルート。