シックハウス対策の基本原則の２つ目として、汚染源の隔離があげられる。つまり、汚染源そのものを除去・排除できない場合には、居住者と汚染源とを隔離することで、汚染物質との接触を避ける対策が必要である。例えば、化学薬品等を使用することが多いキッチンやトイレ、浴室等の水回り空間から、リビングや居室へ空気が流れないように空間を仕切ったり、換気計画を立てるなどの対策が有効だといわれている。